A paleolit diétában az a legnagyobb nehézség, hogy bizonyos élelmiszercsoportokat ki kell vágni az étrendből, azokat, amelyeket eddig mindennap használtunk. Ha például a gabonafélék nagy rajongói vagyunk, akkor lehet, hogy kezdetben nagyon fog hiányozni a reggelink során az a bizonyos tál kukoricapehyel. A burgonya és a tészta is tiltott élelmiszerek a listán, melyek nem engedélyezettek a paleolit diéta során…
Azok a dietetikusok, akik nem támogatják a paleolit diétát, általában ezeket az érveket hozzák fel az ilyen típusú étrend mellett. Persze nyilvánvalóan nem elég a fogyáshoz, ha megszüntetjik a gabona alapú élelmiszereket, viszont az egészséges életmódra való átállásnak hatékony és eredményes módja. Igen, a paleolit étrend valóban sok élelmiszercsoportot nem tartalmaz, de a meglévők is tartaílmazzák azokat a tápanyagokat, melyekre a szervezetnek szüksége van a normális működéshez.
Előfordulhat persze, hogy az emberek, akik a paleolit diétán élnek D-vitamin vagy kalcium hiányban szenvednek, azért, mert ezeket a tápanyagokat főként a gabonákból pótoljuk. Azonban ha ezeket a vitaminokat és ásványi anyagokat más forrásokból, vagy kiegészítők segítségével pótoljuk, akkor nem lesz gond.
A paleolit diéta sok friss élelmiszer fogyasztásán alapul. Ez az esetek egy részében igen drága lehet, hiszen a friss élelmiszerek néha többe kerülnek, mint a feldolgozott és csomagolt alternatívák. Ha korlátozott költségvetéssel dolgozunk, akkor ez a paleolit életmód nehezen biztosítható.